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近期行业参会回顾,维亚生物专家们传递了哪些深度观点?
时间:2023-12-07
来源:维亚生物
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【摘要】:三大智慧盛宴,交流生物医药领域发展动态与尖端技术,探寻最新发展机会。

11月,维亚生物出席了CPHI China & 思享会、SAPA-China年会、BIONNOVA北京创新论坛等,并设有专门的展台以便于交流合作。活动上,专家们分享了哪些精彩的内容与观点?

 

 

2023第三届新药开放与合作生态大会·CPHI China & 思享会

 

10月31-11月1日,“CPHI思享会—2023第三届新药开发与合作生态大会”在上海再度启航。维亚生物计算化学高级主任钱玥博士受邀出席本次会议,分享了计算化学用于小分子新药研发的主题演讲。

 

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计算机辅助药物设计逐步演变成计算驱动的药物设计,在药物研发过程中发挥着巨大的作用。

 

近年来,随着人工智能、算法的不断发展及实验数据的不断积累,计算机辅助药物设计逐步演变成计算驱动的药物设计,在药物研发过程中发挥着巨大的作用。钱玥博士由此出发,结合维亚的实践案例,讲述了分子动力学(Molecular dynamics)、虚拟筛选(Virtual screening)、分子生成(Molecular generator)、自有能微扰(Free Energy Perturbation,FEP)等计算化学方法在药物研发各个阶段的应用。她介绍道,在药物发现初始阶段,一方面,可以通过分子动力学结合已知的分子结构去理解整个蛋白构象的变化,以及引入小分子后诱导蛋白发生的构象变化,并列举近期经典的选择性FGFR2抑制剂案例进一步阐述了分子动力学在药物设计方面的应用。另一方面,在已知蛋白结构但是不清楚结合位点及结合模式的情况下,也可以通过分子动力学来进行研究,并可以根据已有的片段分子结合,在此基础上往外生长。相似的应用,还有维亚的晶体浸泡(Crystal Soaking)实验方法,它也可以帮助找到结合位点及结合模式。

 

进入到药物筛选阶段,在明确了结合口袋的结合模式后,下一步可以利用基于结构的筛选(SBDD)。这其中受限于某些蛋白的特性而无法开展SBDD时,可以选用另一种虚拟筛选方法——基于配体的筛选(LBDD)。在这一环节中,化合物库的大小至关重要,维亚计算化学平台可以基于客户提供的化合物库或者自有的化合物库进行扩充,再结合分子生成去突破原有化学空间,以便于找到最适合的化合物。目前常用的分子生成模型有主动学习(Active-learning),也就是先基于物理化学的模型做一轮筛选,得到筛选结果后再进行基于机器学习的训练,接着通过打分重新排序后再回到原来的模型做验证,甚至可以使用更高精度的物理化学模型,这一过程是不断迭代的,大大节省了运算所用的时间。并且,虚拟筛选与ASMS、SPR技术适配度也较高,通过虚拟筛选将化合物的数量缩小到几千,然后再利用ASMS、SPR进行进一步的验证。

 

筛选得到实验数据后,再通过自由能微扰(FEP)研究两个化合物相对自由能的变化,以进行先导化合物的优化。在此她强调道,对比薛定谔的模块,维亚自有的自由能微扰对应自由能变化(dG)误差在1kcal/mol之内,可信度较高。

 

最后,她表示,无论是分子动力学模拟、自由能微扰,还是目前热门的机器学习,都需要强大的算力做支撑。维亚拥有的超算集群平台搭载了先进的A100GPU芯片,可提供强大的算力支持,及高性能的生物信息处理。

 

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(维亚CADD平台驱动药物研发全流程)

 

 

2023年SAPA-China年会

 

11月3-4日,美中药协中国分会(SAPA-China)的2023年会在苏州高新区举行。维亚生物高级副总裁蔡建华博士受邀出席小分子药物挑战和未来圆桌论坛,分享了维亚面对小分子药物研发挑战及未来研发趋势所作的一些努力和工作。

 

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(左二:维亚生物高级副总裁蔡建华博士)

未来国内公司要想在激烈的全球竞争中胜出,从生物学机制理解出发进行药物开发是其中的必由之路。

 

他指出针对难成药靶点药物研发挑战,小分子药物的一个重要研发策略是开发降解药物,目前维亚已经建成了完整的PROTAC/分子胶研发平台,可以提供一整套的PROTAC/分子胶筛选与验证方案,迄今为止,已为客户研究超50个E3连接酶,累计交付超110个靶蛋白-PROTAC-E3连接酶三元复合结构,通过自有的亲和力筛选技术ASMS、Bioassay、SPR、E3配体与Linker的化学合成等相结合,辅以计算机辅助药物设计的指导,加速推动PROTAC/分子胶药物研发进程。此外,他还提到基于结构的药物发现与药物理性设计技术对创新药研发具有重要的价值,并分享了维亚基于结构药物发现平台过去的一些成功案例与经验。随后针对主持人问道的中国如何在激烈的原研药创新竞争中脱颖而出的问题,他认为中国生物技术公司和海外生物技术公司在生物学机理研究方面还存在较大差距,海外公司非常注重生物学机制研究,未来国内公司要想在激烈的全球竞争中胜出,从生物学机制理解出发进行药物开发是其中的必由之路。

 

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维亚生物首席创新官兼维亚生物创新中心负责人戴晗博士作为分论坛九-主题三“当下生物医药投资优势,挑战和未来预期”的主持人,与在场嘉宾就新形势下生物医药投资、创新及展望等主题进行了全面畅聊。

 

展会现场

 

展会交流期间,维亚工作人员在展台耐心接待了来访的嘉宾们,为他们一一分享了维亚在新药研发生产领域的成功经验与专业洞见,并充分展示了维亚PROTAC/分子胶技术平台、蛋白质生产制备与结构研究、膜蛋白研究、冷冻电镜、药物筛选、Bioassay、药物代谢、计算机辅助药物设计、治疗性抗体发现等多个先进技术平台。现场反馈积极,气氛热烈。

 

 

BIONNOVA北京创新论坛2023

 

2023 BIONNOVA北京创新论坛于11月24日在北京朗丽兹西山花园酒店落下帷幕。维亚生物高级副总裁蔡建华博士作为受邀嘉宾,以“生物物理技术在创新药研发中的应用”为主题发表演讲。

 

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生物物理技术全面赋能新药研发

 

自上世纪初X-射线晶体衍射技术发明并应用到生命科学研究以来,生物物理技术得到了迅速的发展,包括X-射线,NMR,MS及冷冻电镜在内的生物物理技术先后斩获多项诺贝尔化学奖或生理医学大奖。与此同时,这些生物物理技术在创新药物研发领域也迎来了广泛应用。蔡建华博士由此出发,全面介绍了维亚生物物理技术平台在药物机理研究(MOA)及药物筛选方面的应用。维亚通过X-ray、Cryo-EM、HDX-MS、SPR、Intact-MS、Native-MS等一系列生物物理技术进行蛋白三维结构、结合亲和力、结合位点、结合动力学的研究以及共价与非共价结合方面的筛选与鉴定。

 

在药物筛选方面,他表示,维亚搭建了一整套完善的药物筛选平台,可基于自有化合物库包括20万个化合物的结构多样性化合物库、2050个化合物的片段化合物库、960个化合物的片段化合物库、6500个化合物的GPCR集中库、1000个化合物的共价化合物库,及客户提供的化合物库,应用ASMS、SPR、Crystal soaking、Intact-MS等技术开发针对特定靶点的亲和力筛选方法,并介绍了相关的具体案例应用,尤其是维亚新开发的细胞水平筛选共价化合物技术方法。他还强调,维亚化合物库在持续的进行更新迭代,同时,他还表示,为了满足市场对一些传统小分子难于靶向的靶点的筛选需求,维亚还于近期推出了基于噬菌体展示技术的多肽库,其包括两种类型,一种是商业化可购买7aa及12aa线性肽和7aa环肽库,多样性可达到109,一种是定制化多肽筛选库,内部构建时间为6-8周,多样性高于109。每个库的筛选周期约为4周。

 

随后,他还举例分享了生物物理技术SEC-ASMS、SPR、在分子胶发现中应用案例。最后,他以首创新机理变构抗癌药发现、小分子PCSK9变构抑制剂为例,进一步展示了维亚生物物理技术在创新药研发中的实际应用,这些成功案例也充分证明了维亚在一站式新药研发服务上的强大能力。

 

展会现场

 

本次展会期间,维亚生物设有单独的展位,在此向与会嘉宾们分享了维亚在新药研发生产领域的丰富经验与专业洞见,并充分展示了PROTAC/分子胶技术、蛋白生产制备与结构研究、冷冻电镜、药物筛选、生物方法测定平台、化学服务、计算机辅助药物设计、抗体/大分子药物研发等多个核心技术平台,获得现场嘉宾的高度好评与认可。至此,维亚在华北地区的展会之旅圆满结束,在本次展会中维亚结识了很多业界新朋友,大家一起就该领域的变革、合作及未来机遇展开了热烈的交流洽谈。未来也期待与更多志同道合的朋友见面,共话药物研发生产新机遇。

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